Questi sono i 20 batteri più studiati, la maggior parte è stata ignorata

Paul Jensen, un biologo dei sistemi microbici presso l’Università del Michigan ad Ann Arbor, voleva vedere se gli strumenti di intelligenza artificiale (AI), come i modelli linguistici di grandi dimensioni, potessero sintetizzare la ricerca su diversi microrganismi. Così ha individuato tutti i documenti rilevanti su una specie batterica studiata nel suo laboratorio, un organismo che causa la carie Streptococco sobrinus – ma scoprì che li aveva già letti tutti, qualche dozzina in totale.

Molti microbiologi si troveranno in una posizione simile, o addirittura peggiore. In uno studio pubblicato la settimana scorsa sul server di pubblicazione preliminare bioRxiv¹Jensen ha scoperto che solo 10 specie batteriche rappresentano la metà di tutte le pubblicazioni, mentre quasi tre quarti di tutti i batteri nominati non hanno un solo articolo a loro dedicato.

“Abbiamo imparato molto su un piccolo numero di specie”, afferma Jensen. Ma “per molti batteri non c’è nulla che possa essere letto da un modello linguistico o da un’intelligenza artificiale”. I microbi importanti per la salute umana e terrestre sono particolarmente poco studiati, dicono i ricercatori.

Microbo modello

Come altri scienziati della vita, i microbiologi studiano organismi modello, nella speranza che le intuizioni raccolte da ricercatori di laboratorio ben educati come Escherichia coli sarà rilevante per altri organismi.

In molti casi lo sono: le basi della biologia molecolare sono costituite da esperimenti in Escherichia coli. Ma man mano che gli scienziati ampliano il catalogo della vita microbica con ogni tampone di pelle, cacca o campione di terreno che sequenziano, aumenta la possibilità di scoprire informazioni nuove e insolite.

Per quantificare la parzialità della microbiologia verso un piccolo numero di organismi modello, Jensen ha consultato un database di 43.409 specie batteriche uniche e ha contato il numero di articoli indicizzati da PubMed – un archivio di letteratura biomedica gestito dal governo statunitense – che menziona ciascuna specie nel titolo o nell’abstract.

Non sorprende che Escherichia coli risulta primo con oltre 312.000 pubblicazioni, pari al 21% del totale. Il resto della top 10 era costituito principalmente da agenti patogeni umani, come Stafilococco aureoun’infezione opportunistica, Mycobacterium tuberculosis E Helicobacter pyloriun microbo dello stomaco che può causare ulcere e persino il cancro (vedi “Batteri più studiati”).

Ma il 74% delle specie batteriche non è stato menzionato nel titolo o nell’abstract di alcun articolo indicizzato (“Microbi ignorati”). E anche il divario tra i batteri conosciuti e quelli studiati è cresciuto negli ultimi 25 anni, in parte grazie agli studi sul microbioma che sequenziano i microbi in massa.

Organismi poco studiati

Nicola Segata, scienziato del microbioma presso l’Università di Trento in Italia, è costernato dalle conclusioni dello studio, ma non sorpreso. Con una o due eccezioni, i microbi abbondanti nei microbiomi umani sani non rientrano nell’elenco dei 50 batteri meglio studiati. E molti organismi importanti per la salute umana che Segata e altri hanno scoperto non sono stati nemmeno nominati, e ancor meno studiati. “Queste specie hanno ancora molta strada da fare prima di essere studiate al livello che meritano”, aggiunge.

Anche i microbi presenti in diversi ecosistemi, come negli oceani e nel suolo, sono decisamente poco studiati, osserva Brett Baker, ecologo microbico dell’Università del Texas ad Austin. “Nessuno degli organismi dominanti in natura è presente in questa lista”, afferma. “Questo è un problema.”